基础研究所前身为中医基础理论研究室，始建于1964年，重新组建后，2012年正式更改为基础研究所。基础研究所下设睡眠研究室、骨质疏松研究室，主要从事中医药基础和临床研究、产品研发及名老中医传承工作。

基础研究所承担着科研与教学两大任务，现有全国老中医药专家学术经验继承工作指导老师1名，福建省名中医1名，福建省卫生系统有突出贡献中青年专家2名，一批博士生及硕士生导师。拥有国家中医药管理局林求诚名老中医传承工作室、2个福建省中医药重点研究室（中医药防治老年脑功能障碍研究室和骨质疏松证候基因组学研究室）、福建省中医睡眠重点实验室。基础研究所重点涉及动物行为学、组织形态学、分子生物学、细胞生物学等方面的基础研究以及与临床相结合的转化医学研究，探索从分子、细胞、组织、器官到整体水平，从基础研究到临床研究，系统整合生物学及中医辨证相结合的方式，探讨疾病发生、发展的规律，为制定适合我国国情的疾病防治诊疗方案提供科学依据。

基础研究所“十三五”期间承担国家科技部重点研发计划子课题、国家自然科学基金等10项国家级科研项目、32项省部级科研项目。获得中华中医药学会科技奖、中国中西医结合学会科技奖、福建省科学技术进步奖、福建医学科技奖等10余项奖项；国家发明专利2项、实用新型专利2项，成功转化专利2项。基础研究所具有良好的学术交流和合作基础，在相关学术领域享有较高的声誉，研究所专家及科研人员在各类专业学术团体担任重要职务。中国老年学和老年医学学会骨质疏松分会中医药专家委员会主任委员、福建省中医药学会科普分会主任委员、福建省中西医结合学会骨质疏松分会主任委员均在基础研究所。